時代背景：
第一次新吉恩戰爭（哈曼戰爭）結束后，0089下半年間，聯邦對殖民衛星加強了經濟等方面的制裁，但此措施的實行，亦只是令宇宙住民對立情緒上漲而已，各路反聯邦勢力紛紛崛起。
0090年2月，聯邦為收容難民建起宇宙居住區SWEET WALLTER。但此時在無人知曉的情況下，一度銷聲匿跡，于哈曼死后掌握新吉恩指揮權的夏亞·亞茲納布爾已秘密潛入，藏身其中。3月，聯邦軍為維持軍事上的威懾力，建立外圍獨立精銳部隊郎德·貝爾，由布萊德·諾亞大校提任司令官，隊中更有以著名的王牌机師阿姆羅·利大尉為首的眾多优秀戰士作為成員。
0092年12月，由夏亞·亞茲納布爾在接受電視采訪時發表向聯邦的宣戰布告。第二次新吉恩戰爭（亦稱阿克西斯戰爭或夏亞之亂）爆發。然而，正當阿姆羅等人与新吉恩軍殊死戰斗時，一些聯邦上層人物卻盲目相信和平的可能性，加上收受賄賂，而准備前往SIDE6，与新吉恩方面進行秘密接触。
STORY：
天真活潑的少女珂絲·巴拉亞，出身于聯邦高官家族，生活條件优越但卻并不幸福，從小得不到足夠的父愛，与繼母關系更是惡劣至极，因此造就了她叛逆的性格。3月4日珂絲隨父親從地球前往太空，在飛船上結識了布萊德之子哈薩維·諾亞，當一行人到達SIDE6時，正遇上阿姆羅与其女友珍一起從月面取回最新的阿姆羅專用机動戰士RX-93ν（NEW）高達。ν高達由阿姆羅主設計，能夠最大限度發揮他的NEW TYPE能力，加上裝備了最新的NT念動制導游炮，擁有与夏亞的最新座机MSN-04沙扎比相抗衡的力量。當阿姆羅正為得到新机体而欣喜，珂絲与哈薩維亦為學習駕駛MS成績出色而興高采烈時，他們并不知道，夏亞正在同一個衛星上与聯邦上層進行著秘密會談。
很不幸，正所謂冤家路窄，6日在休息時段外出騎馬散步的夏亞，与帶著珂絲与哈薩維駕車兜風的阿姆羅撞個正著。兩人大打出手，阿姆羅甚至拔槍欲向夏亞射擊，然而誰也沒想到就在此時珂絲竟突然奪去阿姆羅的槍械，并与夏亞一起由新吉恩軍的強化人邱尼駕机接走。
